Za nacistické okupace se zapojil do odboje. Spolupracoval se sokolskou odbojovou organizací a pomáhal rodinám perzekvovaných. Dne 15. prosince 1944 byl i se svou ženou zatčen gestapem. Následovalo věznění nejdříve na Pankráci a od února 1945 v policejní věznici v Malé pevnosti Terezín. Zde onemocněl, přesto ve značně ztížených podmínkách v cele kreslil, vyprávěl a přednášel o svém oboru. Za pomoci improvizovaného sochařského náčiní a z hlíny donesené z cihelny se mu dokonce podařilo vytvořit několik modelů. Jejich poválečné odlitky (PT 5897, PT 5898) jsou dnes součástí historicko-umělecké podsbírky Památníku Terezín. Karel Štipl zůstal v Malé pevnosti až do osvobození. Domů do Prahy se dostal 10. května 1945.

Po válce se vrátil ke své sochařské, architektonické, sklářsko-výtvarnické a pedagogické činnosti. Podílel se na řadě významných soukromých i veřejných zakázek. V roce 1959 byl za významné pracovní výsledky vyznamenán Řádem práce. Karel Štipl zemřel ve věku 83 let 22. srpna 1972, je pohřben na hřbitově Šárka v pražských Dejvicích.