Stanislav Kafka se ihned po nastolení protektorátu zapojil do protinacistického odboje. V čem konkrétně spočívala jeho ilegální činnost, bohužel nevíme. S největší pravděpodobností působil v Obci sokolské v odboji, která se podílela na organizování odchodů do zahraničí a kooperovala s dalšími odbojovými organizacemi – Obranou národa, Politickým ústředím a později rovněž s Petičním výborem Věrni zůstaneme. Po nástupu Reinharda Heydricha (1904–1942) do funkce zastupujícího říšského protektora došlo k vyhlášení stanného práva, v rámci něhož se uskutečnila i tzv. Akce Sokol (Aktion Sokol) – úder německých bezpečnostních složek namířený proti sokolské organizaci. V noci ze 7. na 8. října 1941 proběhlo rozsáhlé zatýkání jejích vedoucích činovníků. Do tohoto okruhu spadal též nad ránem gestapem ze svého bytu odvedený Stanislav Kafka.
K výslechu byl společně s ostatními zadrženými funkcionáři převezen do Petschkova paláce. Následně skončil na nějakou dobu ve věznici gestapa v terezínské Malé pevnosti. Odsud se mu podařilo tajně odeslat rodině několik motáků s informacemi o pracovním nasazení a vězeňských poměrech. Ani v těchto otřesných podmínkách neztratil chuť k umění, dnes můžeme ve sbírce Památníku Terezín najít jeho 14 kreseb. Většina z nich představuje studie spoluvězňů nebo interiér cel. Jedná se o jeho poslední díla. Dne 6. března 1942 odjel transportem do koncentračního tábora v Osvětimi. Zde byl zařazen do tábora Auschwitz II-Birkenau, kde 4. dubna 1942 zemřel. Zůstaly po něm manželka Jaroslava a dvě dcery, Stanislava a Jaroslava.