Stanislav Šmolík byl až do náhodné domovní prohlídky členem kladenského okresního výboru ilegální KSČ. Tento incident sice skončil bez následků, ovšem způsobil, že byl z konspiračních důvodů raději odvolán, i nadále však působil jako spojka této organizace. Na konci dubna 1940 došlo k udání většiny členů okresního výboru konfidentem Janem Vackem. Po jejich zadržení byl při drsném výslechu Ludvíkem Kunou prozrazen rovněž Stanislav Šmolík, kterého gestapo zatklo 6. května. Poté strávil přes rok vyšetřovací vazby ve věznicích Zwickau a v Drážďanech, kde byl v září 1941 vrchním zemských soudem odsouzen za přípravu velezrady. Trest tři a půl roku káznice si začal odpykávat ve Waldheimu. Zde se u něj projevila tuberkulóza, a proto musel být v září 1943 převezen do věznice Mírov na Moravě, kam se vězni s plicními chorobami posílali. V únoru roku 1944 mělo dojít k jeho propuštění, ale podobně jako u mnohých dalších k tomu nedošlo. Následoval převoz do Prahy na Pankrác, odkud koncem března putoval do věznice gestapa v terezínské Malé pevnosti. Jelikož byl Stanislav Šmolík šikovný a zkušený klempíř, umístili ho v Malé pevnosti na Dílenský dvůr do cely číslo 23. Vězni se tam měli o něco lépe, neboť většina z nich pracovala v tamních dílnách, což nabízelo jisté výhody. Šmolík se zde zabýval opravami všelijakých věcí, např. kuchyňského nádobí nebo konví, a údajně také výrobou dětského šlapacího autíčka zadanou velitelem věznice Heinrichem Jöckelem (1899–1946). Ve volných chvílích pak mohl tajně tvořit různé menší předměty. Jedním takovým je dochovaný otevírací kapesní nůž. Ten má na jedné straně měděné rukojeti vyryt ozdobný stonek s listy a kvítkem, na straně druhé nalezneme nápis „Terezín 1944“. Do sbírky Památníku Terezín jej věnoval spoluvězeň Stanislava Šmolíka, lakýrník František Morávek, uložen je pod inventárním číslem PT 6152. Začátkem října 1944 byl Stanislav Šmolík s poznámkou „návrat nežádoucí“ odeslán do koncentračního tábora Flossenbürg. Zde se díky svému špatnému zdravotnímu stavu vyhnul pochodu smrti a dne 23. dubna 1945 byl se zbytkem vězňů osvobozen americkou armádou. Domů se však mohl vrátit až po měsíční karanténě. Po jejím uplynutí byl 28. května převezen do Čech. Z nemoci a útrap způsobených vězněním se zotavoval ještě několik měsíců. Částečně uzdravený se do běženého života v Kladně dokázal vrátit již koncem roku 1945.